A Cinemateca Portuguesa-Museu do Cinema é um organismo da administração indirecta do Estado, dotado de autonomia administrativa e financeira e património próprio, que funciona sob a tutela da Secretaria de Estado da Cultura. É actualmente dirigida por uma Directora (Maria João Seixas) e por um Subdirector (José Manuel Costa).

Os actuais Estatutos da Cinemateca Portuguesa-Museu do Cinema foram aprovados pela Portaria Portaria nº 374/2007 de 30 de Março, que cria as unidades orgânicas nucleares (Departamentos) e intermédias (Divisão).