Os nossos heróis de MADAGASCAR, Alex, o leão, Marty, a zebra, Melman, a girafa, e Glória, a hipopótama, abandonam a ilha de Madagáscar para regressarem ao sossego do zoo de Central Park, em Nova Iorque. A máquina voadora que tomam sofre porém um acidente que os faz descer numa remota e desconhecida região da África, onde os esperam novas emocionantes e divertidas aventuras.